В составе Академии пять факультетов: хирургический, терапевтический, педиатрический, стоматологический, профилактической медицины и организации здравоохранения, Академический образовательный центр фундаментальной и трансляционной медицины и четыре филиала: Иркутская государственная медицинская академия последипломного образования, Казанская государственная медицинская академия, Новокузнецкий государственный институт усовершенствования врачей, Пензенский институт усовершенствования врачей.
Академия осуществляет образовательную деятельность в соответствии с установленными государственными требованиями к подготовке граждан в системах дополнительного и послевузовского профессионального образования и имеющейся лицензией на образовательную деятельность.
Академия располагает отработанными технологиями и опытом подготовки врачей в области высоких технологий, а также подготовки врачей первичного звена здравоохранения.
Научно-исследовательская деятельность Академии направлена на повышение качества медицинской помощи, совершенствование послевузовского и дополнительного профессионального образования кадров здравоохранения, разработку современных подходов к лечению, профилактике, диагностике заболеваний.
На основе целенаправленной организации учебного процесса, выбора форм, методов и технологий обучения Академия создает необходимые условия для освоения гражданами программ обучения в системах дополнительного и послевузовского профессионального образования.